С 1992 года началась медленная поэтапная передача строений Свято-Екатерининского монастыря в собственность Русской Православной Церкви. К этому времени все помещения многострадальной обители, в том числе и Екатерининский собор были еще заняты различными службами ГУВД. В алтаре храма прорублены ворота, куда въезжали грузовики, в помещении старинного собора размещен гараж и авторемонтные мастерские.

В апреле на Пасху иеромонах Тихон (Недосекин) и иеромонах Кирилл (Федотов) впервые вошли в монастырский храм. В этот Пасхальный день после шестидесятилетнего перерыва вновь зазвучали в монастырских стенах слова молитвы. Первые насельники спали в храме, разделенном на три этажа, — наверху, в самом куполе. Помещение это недавно служило спортивным залом для учащихся Учебного центра ГУВД.

14 апреля указом митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия иеромонах Тихон был назначен настоятелем Екатерининского монастыря. Так началось возрождение старинной обители.

В июле митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием иеромонах Тихон (Недосекин) был возведен в игумены с возложением наперсного креста и вручением игуменского жезла.

Кроме того, игумен Тихон стал благочинным вновь образованного Видновского церковного округа. В монастыре начались работы по устройству помещения для богослужений. Летом расчищали братский корпус и другие здания. Особых усилий потребовало освобождение колокольни от водонапорного бака (водоизмещением в восемь тонн), установленного еще в 1935 году, — сразу после закрытия последней действующей надвратной церкви.

17 ноября 1992 года в стенах монастыря был совершен первый постриг. Игумен Тихон, по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, постриг с именем Иоанн послушника Михаила Королькова, который стал третьим насельником монастыря (в июне следующего 1993 года он был хиротонисан в иеромонаха). На праздник Успения Пресвятой Богородицы Свято-Екатерининский монастырь впервые посетил Высокопреосвященнейший Ювеналий, митрополит Крутицкий и Коломенский, а на престольный праздник святой великомученицы Екатерины — Владыка Григорий, епископ (ныне архиепископ) Можайский. Впоследствии оба владыки не раз возглавляли богослужения в стенах возрождающейся обители.