Пустынь не имела приписных сел и деревень, поэтому так называемую ругу — хлебное и денежное жалованье, насельники пустыни получали из Приказа Большого дворца. В ружных книгах начала XVIII века мы читаем о выданных в пустынь из Главной дворцовой канцелярии на свечи и церковное вино «денег 6 рублей 70 копеек, на просфоры — пшеницы 4 четверти. От Коллегии экономии ладану по 6 фунтов». Но иногда случалось, что жалованье подолгу задерживалось, а то и вовсе не поступало в монастырь. Так было, например, в 1714—1716 годы, когда три десятка насельников – священнослужителей, монахов и трудников не получили из Приказа ни хлебной, ни денежной помощи. «От великой нужды» останавливалась даже церковная служба, а голодающие монахи побирались по близлежащим селам. В марте 1717 года строитель пустыни иеромонах Гавриил пишет на имя Государя Петра Алексеевича отчаянное послание: «…Ныне мы, богомольцы твои, весьма оскудели и платьем обносились… И дров, и хлеба, и свеч купить не на что, а без одежды и без дров от морозов погибаем смертию».

С 1764 года пустынь числится заштатной. Она имеет девяносто девять десятин земли под березовым лесом, орешником, пашней и сенокосом. В марте того же года поручик Андрей Писарев, составляя опись церковных имений, пишет, что Екатерининская пустынь находится «расстоянием от Москвы в 23 верстах и в 14 верстах от Подольска, а по каким указам оная пустынь и в каком году сооружена, о том известия никакого, а также жалованных грамот в оной не имеется, ибо оные взяты были в главную дворцовую канцелярию, и в 1737 году в бывший в Москве пожар оные в той канцелярии сгорели». По той же описи значится, что в алтаре храма двенадцать старинных икон, украшенных серебряными окладами с золотыми венцами, жемчугом и драгоценными камнями, в ризнице — вызолоченный ковчег с частицами мощей святой великомученицы Екатерины и частицы мощей других мучеников. Имеются серебряные потиры, кадила и другая драгоценная церковная утварь. В монастыре была неплохая библиотека, с книгами необходимыми для богослужения и душеполезного чтения. Для приезжих богомольцев в монастыре срубили деревянную «светлицу», в ограде монастыря разбили фруктовый сад, выкопали пруд.Братия монастыря часто совершали крестные ходы с чудотворным образом святой великомученицы Екатерины. При большом стечении народа обходили они близлежащие деревни, в каждом доме воспевая «молебенное служение».

Годы Царствования Государыни императрицы Екатерины Великой стали годами бурного строительства небольшой подмосковной пустыни. Правда, своим возрождением пустынь более обязана митрополиту Московскому Платону (Левшину), а с 1784 года — настоятелю обители иеромонаху (впоследствии архимандриту) Мелхиседеку.

За семнадцать лет настоятельства отец Мелхиседек с помощью Божией, благодаря содействию Владыки Платона и христолюбивых благотворителей, возродил жизнь пустыни, выстроил великолепный собор, сделал обширные пристройки к первоначальному старинному храму, обновил надвратную церковь с колокольней, поставил два каменных корпуса келий, обнес монастырь «не весьма высокой, но красивой» каменной оградой с четырьмя башнями по углам.

Старинная церковь была переосвящена в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла, а новый соборный храм — во имя святой великомученицы Екатерины.

Собор, построенный в духе своего времени, увенчанный куполом с вызолоченной главой, был внушителен и наряден. Его украшали с южной и северной сторон классические портики с колоннами; два широких крыльца из «дикого» камня «о пяти ступенях» вели внутрь храма. Особенно поражал он внутренним устройством. Два яруса опоясывали стены. Два престола были расположены один над другим: внизу — во имя святой великомученицы Екатерины, вверху, на хорах, над алтарем — в честь Успения Божией Матери. Хоры и иконостасы были богато украшены резьбой и сплошь вызолочены, а стены «убраны иконописными картинами или стенным письмом в клеймах».

Два храма, старинный и новый, были соединены в одно здание, но созданные в разное время, они, к сожалению, не представляли гармоничного целого. А вот надвратная церковь – церковь во имя святителя Димитрия Ростовского является, тем не менее, одним из лучших архитектурных сооружений не только пустыни, но и всего Подмосковья.